根据《财政部 税务总局关于增值税法施行后增值税优惠政策衔接事项的公告》（2026年第10号）规定，自2026年1月1日起取消购进农产品用于生产、委托加工13%税率货物1%加计扣除政策，全场景统一执行9%农产品进项扣除率，不再根据成品税率差异化扣除。一般纳税人购进农产品根据采购渠道、供应商身份、发票类型的不同，增值税进项税额的抵扣也有所区分。
一、向农业生产者采购自产农产品
适用主体：直接向农户、农民专业合作社、农业生产企业采购自产初级农产品。合规抵扣凭证：农产品收购发票（企业反向开票）、农业生产者自产自销免税增值税普通发票。
案例1：某食品加工厂向农户采购自产玉米，开具农产品收购发票，载明收购总价款100000元。当期可抵扣进项税额=100000×9%=9000元。二、向一般纳税人采购农产品
计算方式：直接按照发票、缴款书票面注明的增值税税额据实抵扣
适用主体：向具备一般纳税人资质的农产品供应商采购农产品。合规抵扣凭证：9%税率增值税专用发票、海关进口增值税专用缴款书。案例2：某商贸公司从农产品一般纳税人企业采购粮油，取得9%税率增值税专票，票面不含税金额200000元，税额18000元。当期可直接抵扣进项税额18000元。三、向小规模纳税人采购农产品（重点）
核心前提：小规模纳税人开具的普通发票（含免税、征税普票）一律不得抵扣进项，仅增值税专用发票可抵扣，且两类专票抵扣规则不同。1.取得3%征收率增值税专用发票：不按票面税额抵扣，按发票不含税金额×9%计算抵扣进项税额；
2.取得1%征收率增值税专用发票：仅可按照票面标注税额抵扣，不得适用9%扣除率。
案例3（3%专票抵扣）：某企业从小规模农产品经销商采购干货，对方放弃免税开具3%征收率专票，发票不含税金额50000元，票面税额1500元。当期可抵扣进项税额=50000×9%=4500元。案例4（1%专票抵扣）：同上企业取得小规模商户开具的1%农产品专票，不含税金额50000元，票面税额500元。当期仅可抵扣进项税额500元。四、批发零售环节农产品抵扣特殊规则
针对蔬菜、鲜活肉蛋产品，批发零售环节享受法定免税政策，需严格区分发票类型判定抵扣权限：1.商户享受免税政策、开具免税普通发票：进项税额不得抵扣；
2.商户主动放弃免税（36个月内不得重新享受免税优惠）、开具征税专票：按供应商身份适用对应抵扣规则。
补充说明：粮油、干货、水果等非免税农产品，批发零售环节无免税政策，商户可正常开具征税专票，合规抵扣。案例5（免税普票不可抵扣）：某餐饮企业从超市采购免税新鲜蔬菜，取得免税增值税普通发票，采购金额20000元，该笔支出无合规可抵扣进项税额。案例6（小规模零售商放弃免税抵扣）：某超市主动放弃蔬菜流通免税政策，开具3%征收率专票，不含税采购金额30000元。采购企业可抵扣进项税额=30000×9%=2700元。纳入农产品增值税进项税额核定扣除试点的企业（乳制品、酒及酒精、植物油等行业），不适用本文凭票抵扣规则，无需按照发票类型、采购渠道计算抵扣，统一按照税务机关核定的扣除办法计算进项税额。总结
1.农业生产者自产渠道：凭收购发票、自产免税普票，按买价9%抵扣；
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2.一般纳税人供货渠道：凭9%专票、海关缴款书，按票面税额直接抵扣；
3.小规模纳税人供货渠道：3%专票按不含税金额9%抵扣，1%专票仅抵票面税额，普票不得抵扣；
4.批发零售免税生鲜：免税普票不可抵扣，商户放弃免税开具的征税专票可依规抵扣；
5.2026年起取消深加工加计扣除，所有农产品采购统一9%进项扣除率；
6.核定扣除试点企业：独立适用核定政策，不适用凭票抵扣口径。
